ＭＯＴＨＥＲ３のストーリーを簡単に。
しかもちょっと適当に。
１と２では間が約５年とされていましたが、
近作では前作の世界が滅んでから５５億年が経過していると設定されています。
舞台となるのは『ノーウェア島』
主人公は双子の男の子の弟『リュカ』
リュカは祖父『アレック』の家へ、母『ヒナワ』と兄『クラウス』の三人で遊びに来ていた。
その最終日。
兄とともにドラゴ達と遊んだリュカは、昼食のためにアレックに家に戻る。
子供たちに昼食を食べさせたヒナワは、夫フリントに向けて伝書鳩を飛ばした。
その時、空を飛ぶ謎の物体をヒナワは目撃するのであった。
ヒナワ達が帰る日、村の北にある『テリの森』が火事になった。
双子の父『フリント』は友人のトマスと共に燃え盛る森の中に入っていく。
フリントは親友のライタとその息子フエルを救出し、村へ戻った。
ＹＡＤＯから出たフリントのもとにイサクが現れる。
そして今日森の中で聞いたことをフリントに告げた。
家に帰ると、伝書鳩が玄関の前に居た。
足にくくりつけられていた手紙を読んだフリントは、妻子の帰りが遅いこと知る。
イサクの提案により村人総出で森の中を捜索する。
大絶壁を前にして『ダスター』と合流するフリント。
崖の上に登り、ヒナワの服の切れ端を手に入れた。
そして不気味に改造されたカリブーと対決する。
崖から戻ると子供たちが見つかったとの知らせを聞く。
フリントは急いで川岸に向かった。
しかしその場所に妻ヒナワの姿はなかった。
暫くして、ブロンソンからヒナワが亡くなったと告げられる。
我を忘れ、暴れるフリントを止めたのはライタだった。
フリントが目を覚ますとそこは村の留置場。
クラウスによって留置場から出たフリントは、妻の墓へ向かった。
そこでクラウスが母の仇であるドラゴを倒すため、山に向かったことを知った。
アレックと共にフリントはクラウスの後を追う。
ドラゴ大地で対峙したドラゴは、もはやドラゴと呼べるようなものではなかった。
メカドラゴを打ち倒したフリントであったが、クラウスを見つけることはできなかった。
ある夜、ウェスに呼び出されたダスターは、村の北にある城へ忍び込むように命じられる。
そこにある、価値のあるものを盗んでこいと。
ニッポリートの小屋の地下から城に忍び込んだダスターは、お化けたちと戦いながら先に進む。
そしてダスターは城の中で不思議な少女を見かける。
彼女のあとを追うと、そこはタンつぼがあった。
タンつぼを持ってウェスのもとに戻ると、ウェスは激高した。
ウェスと共にオソヘ城に忍び込むダスター。
しかし城はブタマスクたちによって攻め込まれていた。
タンつぼの部屋まで戻ると、ウェスが踊りだした。
オソヘの踊りによって更に先に進めるようになる。
階段で先ほどの不思議な少女と出会った。
少女はこの城の姫君だった。
『クマトラ』姫とウェスと三人でこの城にある宝を求め最上階を目指す。
ひかりのタマゴを手に入れた三人は、罠にかかりオソヘ城の地下まで落ちてしまう。
そこでオソヘの大蛇、オソヘビと対決する。
オソヘビを倒した三人は、地下道を流されていった。
気付くウェスとクマトラのみで、ダスターの姿はなかった。
彼女を囚われた『サルサ』は行商人『ヨクバ』の言いなりとなる。
砂漠を越え、地下道を通ってタツマイリ村までやってきた二人は、
ＹＡＤＯに一泊し、翌日からヨクバが商売を始める。
ヨクバは巧みな話術で村人たちを誑かそうとする。
シアワセのハコを希望した村人たちに届けるサルサ。
届け終わると、オソヘ城に二人で向う。
そこでヨクバを地下まで案内するも、目的のものを逃してしまう。
ＹＡＤＯに戻ったサルサは、ウェスとクマトラの助けで脱走することに成功する。
しかし、即座に見つかり、三人はテリの森へ逃げる。
森の中で包囲された三人は、リュカが連れてきたドラゴによって窮地を脱する。
行方知れずのダスターとひかりのタマゴを探すため、それぞれが散り散りになった。
時は経ち、三年後。
成長したリュカはダスターらしい男がいるというクラブ・チチブーへ向かう。
線路を行く途中、一人のマジプシーと出会う。
彼（？）によってリュカはＰＳＩの力を手に入れる。
コーバに着いたリュカはここで働き、チチブーへの切符を手にする。
クラブ・チチブーについたリュカは、ヨシコシという謎の女性の手助けで中に入ることが出来た。
ヨシコシの正体はクマトラ姫であった。
廊下を通ることが出来ないリュカたちは、屋根裏からダスターと思われる男性『タメキチ』の部屋を目指す。
タメキチの部屋の真上にいる、しっとにくるうギターを倒したリュカは部屋へと降りていく。
タメキチはやはりダスターであった。
しかし過去の記憶は失われていた。
旅に出るかこのまま残るか悩むダスターであったが、
ＤＣＭＣのメンバーは、ダスターの背中を押し送り出す。
被っていたアフロを置いて、ダスターはクラブ・チチブーを後にした。
リュカ、クマトラ、ダスター、ボニーの３人と１匹でひかりのタマゴを探す。
失われたダスターの記憶を辿り、ネンドじんに隠したことを思い出したダスター。
ムラサキの森で朽ち果てたネンドじんに近寄るが、その瞬間、イカヅチが降り注いだ。
ネンドじんは突然起き上がり、狂ったように走り去っていった。
あとを追う４人は、ネンドじんの再生工場に辿り着く。
工場に入るとリュカは上司と勘違いされ、凛々しい服装に着替えさせられた。
工場の裏口から出ると、くるったネンドじんはゴミ収集車によってゴミ捨て場に向かっていた。
ハイウェイを徒歩で追いかける途中、ブタマスクによってポークビーンを渡され、それに乗り込んだ。
しかし、直ぐに向かいのポークビーンと激突、こわもてブタマスクとの対決する。
ハイウェイを進み、ゴミ捨て場でかなしきよせあつめと対決する。
そこでブタマスクにまたまた勘違いされ、イカヅチタワーへと案内される。
このイカヅチタワーがタツマイリ村に落ちるイカヅチの原因と知った３人と１匹は、
これを止めるためにイカヅチタワーの機能停止を目指す。
最上階のジェネッタくんを倒し、塔は崩壊する。
ヨクバを救助するためにやってきた飛行船につかまり上空へ。
しかし３人と１匹はバラバラに落ちていく。
リュカが目覚めると、そこはヒマワリがあたり一面を覆う高原だった。
一緒にボニーもいる。
うっすらと映る母ヒナワのあとを追うリュカは、崖の下へ落ちてしまう。
リュカが目覚めると、そこはシルバーハウスであった。
ウェスやアレックの話によると、積んであったわらの上に落ちてきたそうだ。
シルバーハウスをあとにすると、マジプシーの一人が橋の上で横たわっていた。
イオニアを助けエオリアの家に向かうリュカとボニー。
しかし時すでに遅く、エオリアは髭剃りと口紅を残し消えていった。
エオリアが守るハリのもとへ進むリュカ。
オソヘ城に着いたものの、何者かによって既にハリは抜かれていた。
ほかのハリが心配になったイオニアは、ほかのマジプシのもとへ。
リュカもドリアが守るハリを抜くため、ムラサキの森へ向かう。
キマイラ研究所に入りサルサと合流したリュカは、森の中でドリアと出会う。
そこでハリを抜いたリュカ。
ドリアは髭剃りと口紅を残し消え去っていった。
ドリアのもとにいたクマトラと合流したリュカたちは、シログネ山へ向かう。
オケラホールを抜けてシログネ山に着いたリュカたちは、頂上を目指す。
リディアとの会話を交わし、裏手のハリを抜きにいくが既に抜かれていた。
鉄球メカゴリラを倒した一行はタツマイリ村に戻った。
どせいさんを助けるため、一向は墓場からゴマフ火山へ向かう。
地下道にあったちゃぶ台に乗り、ハイウェイを突き進む。
どせい谷を占拠していたブタマスクたちを一掃し、ダスターとも合流したリュカたちは、
フリギアの家へと向かう。
そこでさらに北にある火山内部でニューヨクバを倒しハリを抜くリュカ。
どせいさんの助けで村に戻った一行は、タネヒネリ島に向かうため海の中を進む。
島に着くと、不思議なきのこを食べてしまうが、ミクソリディアによって元に戻る。
ミクソリディアの家から洞窟を抜け、ハリの守護者を倒すものの
仮面の男によって倒され、ハリを抜かれてしまう。
村に戻った一向は、６つめのハリを守るイオニアのもとへ向かう。
イオニアが守るハリはチュピチュピイ神殿の中にあるが、そこにはブタマスクたちによって占拠されていた。
どせいさんにもらったフランクリンバッヂの効果で仮面の男を倒したリュカはハリを抜いた。
謎の運転手に連れられ、リュカ一行は大都市ニューポークに辿り着いた。
映画館で居なくなったボニーを追うため、ゲーセンから地下に入る。
そこに居たのは、クロスロードのノッポさんことリダであった。
リダに真実を告げられたリュカは、最後のハリを抜くためにエンパイアポーキービルに向かう。
ポーキーの悪戯でビルの各フロアを行ったりきたり。
なんとかしてポーキーのもとに着いたリュカたちはポーキー型のロボを倒す。
父フリントと共に地下に落とされたリュカたちは最終決戦へと向かう。
最後のハリの前に居たのはあの仮面の男だった。
仮面の男との一騎打ちでリュカは勝利する。
そして仮面の男の正体は、行方不明だった兄クラウスであった。
最後のハリを抜いたリュカ。
こうして物語は最後を迎える。